El tratamiento de los quistes varía dependiendo de la historia clínica, el tamaño, origen y molestias que ocasionen.
La mayoría de los quistes, desaparecen a las pocas semanas de forma espontánea, por lo que hay que llevar un seguimiento durante tres o cuatro meses. Cuando son benignos, se pueden atender con tratamiento hormonal, mediante el uso de pastillas anticonceptivas, durante un corto período. Los anticonceptivods orales aceleran la desaparición del quiste y reestablecen los ciclos menstruales normales.
Pero cuando su tamaño ocasiona síntomas como dolor, cambios hormonales y problemas durante las relaciones sexuales o el ciclo menstrual, o en caso de no ser quistes funcionales y no desaparecer por más de 60 días, se puede recurrir a la cirugía laparoscópica o una laparotomía exploratoria, que son procedimientos relativamente sencillos que ocasionan un mínimo de molestias para las pacientes.
Otra forma de tratamiento es la salpingooforectomía, o sea la extirpación quirúrgica de los ovarios y las trompas de Falopio afectadas. Este procedimiento debe ser muy bien valorado por el médico, sobre todo porque si se trata de ambos ovarios o trompas, la mujer ya no podrá tener más hijos. En mujeres pre y postmenopáusicas, se debe extirpar toda la matriz junto con los ovarios y trompas.
Cuando los quistes son persistentes, grandes y ocasionan mucho problema y debido a que su pared es muy fina y en ocasiones se puede romper, retorcer su base, o sufrir una hemorragia intraquística, produciendo dolor abdominal de carácter agudo e intenso, se necesita una intervención quirúrgica inmediata conocida como exéresis quirúrgica.
También es muy recomendable hacer una examen anatomopatológico del quiste, es decir un estudio microscópico para descartar la presencia de células malignas.
Es importante destacar que en caso de necesidad de extirpar un ovario, el otro puede cumplir perfectamente con las funciones hormonales y de ovulación que la mujer necesita para poder tener hijos.